Cet usage est considéré comme prioritaire sur le bassin.

Cela signifie que tous les moyens doivent être mis en oeuvre afin de garantir l'approvisionnement en eau potable (autant sur le plan quantitatif que qualitatif) des populations. En termes de prélèvements, ils sont échelonnés sur l'année et les capacités de production correspondent à la demande.

L’organisation de la production d’eau potable est différente entre les parties amont et aval du bassin, correspondant aux deux départements Deux-Sèvres et Charente-Maritime. En effet, la problématique de l’eau potable est gérée à l’échelle du département entier en Charente-Maritime, par le biais du SDE 17, car la majeure partie des forages AEP dans les nappes de la Boutonne ont été fermés du fait du non respect de la qualité des eaux brutes (nitrates principalement). Cela signifie que les populations situées sur le bassin de la Boutonne, côté Charente-Maritime, sont en grande partie alimentés par de l’eau prélevée dans le fleuve Charente (usine de St-Hypolite) et acheminée par le réseau de distribution et les inter-connexions du syndicat départemental.

En revanche, la production d’eau potable sur la partie deux-sévrienne du bassin est encore locale (prélèvement dans l'Infra-Toarcien). Néanmoins, là aussi le partage et l'exploitation de cette ressource souterraine est sensible. Suite à des problèmes de qualité ponctuels concernant les eaux brutes prélevées pour l'eau potable, un programme d'échange de forages entre monde agricole et producteurs d'eau potable Deux-sévriens a permis à ces derniers de réaliser les prélèvements dans les nappes plus profondes.

Concernant l’eau domestique, plus généralement, la problématique liée à l’assainissement des eaux usées (et donc les rejets au milieu) est également importante sur le bassin de la Boutonne (tout ne peut être traité avant rejet). Il faut enfin noter l’impact des jardiniers amateurs et de certaines municipalités sur les pollutions liées aux pesticides retrouvées ponctuellement sur le bassin.