Sans modification induites par les activités humaines, les cours d'eau ont un fonctionnement naturel qui permet d'épurer les eaux de ruissellement, d'atténuer l'intensité des crues et de favoriser une large biodiversité.

Cependant, des millénaires d'activité humaine ont profondément modifié les cours d'eau et les usages liés aux cours d'eau. Ainsi, l'homme a modifié le paysage par le déboisement, la mise en culture des terres, des biefs ont été creusés pour alimenter des moulins, des sections de cours d'eau ont été rectifiés et surcreusés, une grande partie des zones humides a été assainie et la végétation que l'on retrouve naturellement au bord des cours d'eau a parfois été supprimée. L'ensemble de ces changements provoquent des dysfonctionnements hydrauliques et biologiques : sédimentation, eutrophisation, érosion etc.

Afin de palier aux perturbations profondes liées aux activités humaines et de pouvoir rétablir ou maintenir le bon état écologique des cours d'eau, des travaux de restauration sont souvent nécessaires. Ainsi, ces travaux peuvent comprendre des opérations de restauration morphologique dans les cours d'eau et les zones humides, la réfection d'ouvrages de maintien de niveaux d'eau ou de gestion des débordements, la recharge granulométrique (ajout de sédiments larges), l'entretien de la ripisylve (taille des arbres et arbustes le long des cours d'eau), la consolidation de berges ou de digues, l'enlèvement des embâcles, etc.

Tous ces travaux doivent être cohérents dans le temps et l'espace les uns par rapport aux autres à l'échelle du bassin. C'est pourquoi ils sont organisés sous la forme de plans de gestion pluriannuels sur une durée de 5 ans. De plus, une grande partie de ces travaux s'opère sur des terrains privés, ils sont donc soumis à une Déclaration d'Intérêt Général (DIG) faisant l'objet d'une instruction par les services de l'état, d'une enquête publique, et d'un arrêté préfectoral d'autorisation.

Actuellement, un de ces plans de gestion est en cours de mise en œuvre sur la partie amont du bassin,  le plan de gestion pluriannuel de la Boutonne Moyenne est en cours d'instruction à la DDTM (au titre de la DIG et pour la conformité avec la loi sur l'eau), tandis qu'un plan de gestion sur l'aval du bassin devrait voir le jour avec le recrutement d'un technicien cette année.

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