A l'origine, les cours d'eau ont un fonctionnement naturel qui permet d'épurer les eaux de ruissellement, d'atténuer l'intensité des crues et de favoriser une large biodiversité.

Cependant, des millénaires d'activité humaine ont profondément modifié les cours d'eau et les usages liés aux cours d'eau (déboisement, mise en culture et en pâture des terres, utilisation de la forces motrices des cours d’eau par les moulins, remembrement des terres et recalibrage/rectification des cours d’eau, drainage et assèchement de zones humides, urbanisation et imperméabilisation des sols).  L'ensemble de ces changements provoquent des dysfonctionnements hydrauliques et biologiques : sédimentation, eutrophisation, érosion etc.

Afin de palier aux perturbations engendrées et de pouvoir rétablir ou maintenir le bon état écologique des cours d'eau, des travaux de restauration sont souvent nécessaires. Ainsi, ces travaux peuvent comprendre des opérations de restauration morphologique dans les cours d'eau et les zones humides, la réfection d'ouvrages de maintien de niveaux d'eau ou de gestion des débordements, la recharge granulométrique (ajout de pierres et blocs calcaires), l'entretien de la ripisylve (taille des arbres et arbustes le long des cours d'eau), la consolidation de berges ou de digues, l'enlèvement des embâcles, etc.

Afin de les coordonner à l'échelle du bassin, ces travaux sont organisés sous la forme de plans de gestion pluriannuels sur une durée de 5 ans. De plus, une grande partie de ces travaux s'opère sur des terrains privés, ils sont donc soumis à une Déclaration d'Intérêt Général (DIG) faisant l'objet d'une instruction par les services de l'état, d'une enquête publique, et d'un arrêté préfectoral d'autorisation.

Actuellement, un de ces plans de gestion est en cours de mise en œuvre sur la partie amont du bassin,  le plan de gestion pluriannuel de la Boutonne Moyenne est en cours d'instruction à la DDTM (au titre de la DIG et pour la conformité avec la loi sur l'eau), tandis qu'un plan de gestion sur l'aval du bassin devrait voir le jour avec le recrutement d'un technicien cette année.

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