La Commission Locale de l'Eau (CLE) est la pierre angulaire d'un SAGE.
La composition de la CLE du SAGE Boutonne a été renouvelée par arrêté préfectoral en date du 22 novembre 2011, puis modifiée par arrêté préfectoral en date du 28 décembre 2012, puis à nouveau en 2015 et en 2016.

Elle compte désormais 58 membres répartis dans 3 collèges:
                    -29 représentants dans le collège des élus
                    -18 représentants dans le collège des usagers
                    -11 représentants dans le collège de l'état et des établissements publics.
C'est la CLE qui prend l'ensemble des décisions liées au SAGE. C'est un parlement local de l'eau où chaque acteur peut faire entendre sa voix et oeuvrer pour une
meilleure gestion du territoire. Elle est renouvelée tous les six ans.