La première étape consiste à définir le périmètre du SAGE. Il doit être cohérent, se rapprocher des limites hydrographiques naturelles, permettre aux usagers de résoudre leurs différends lorsque la ressource en eau est source de conflits.
Il revient au préfet d'en arbitrer la procédure. Il consulte les collectivités territoriales, le comité de bassin et fixe le périmètre.

Ensuite, c'est au tour de la Commission Locale de l'Eau (CLE) d'être mise en place. Le préfet arrête sa composition avec obligation d'y retrouver une majorité d'élus (au moins la moitié), des usagers de l'eau (au moins un quart) et les services de l'état et les établissements publics (les sièges restant). La portée des travaux de la CLE est considérable puisqu'une fois approuvé par le préfet, le SAGE a une portée réglementaire sur le territoire.

Les programmes et les décisions administratives dans le domaine de l’eau doivent être compatibles ou rendus compatibles avec les dispositions du SAGE. On dit ainsi que le SAGE est opposable aux administrations. Les autres décisions administratives doivent simplement le prendre en compte.

De plus la loi n° 2004-338 du 21 avril 2004 portant transposition de la directive cadre sur l’eau impose aux schémas de cohérence territoriale (SCoT), aux plans locaux d’urbanisme (PLU) et aux cartes communales (CC) d’être compatibles avec les objectifs de protection définis par le SAGE.

Les SAGE, au travers de leur règlement, peuvent également être opposables aux tiers.