En 1988, le recensement général agricole dénombrait presque 6800 exploitations agricoles sur le bassin.
En 2010, environ 3000. La surface agricole utile (SAU) est restée constante soit environ 240 000 ha. Résultante commune dans toutes les régions, les surfaces cultivées par exploitation augmentent fortement, les pratiques et systèmes de culture, autrefois très diversifiés et mêlant productions végétales et productions animales, se spécialisent, se mécanisent, les apports agrochimiques dans les sols sont très utilisés depuis des décennies.
Autre forme de visualisation des évolutions agricoles, spatialement voici la progression entre 2000 et 2010 par commune, en terme d'orientation technico-économique des exploitations (OTEX, source RGA, qui détermine par commune le type majoritaire d'orientation)
Le recours à l'irrigation a suivi la même progression, afin de gagner en productivité jusque dans les années 2000, puis en régression du fait des restrictions d'eau et réorientations techniques.
Les prélèvements pour l’irrigation sont principalement concentrés sur les périodes printanières et estivales. De nombreux efforts ont déjà été réalisés par la profession agricole pour améliorer l’efficacité des techniques d’irrigation et pour contenir voire réduire les surfaces irrigables sur le bassin.
Néanmoins, des déséquilibres subsistent entre ressource disponible et besoins. Le SAGE prévoit donc plusieurs mesures pour accompagner les irrigants dans cette recherche de solution. Le projet de territoire Boutonne en est le volet opérationnel sur l'aspect quantitatif et programme sur plusieurs axes actions, des mesures de retour à l'équilibre à moyen terme.
Outre cette problématique liée à la quantité de ressource prélevée en période sèche, les activités agricoles engendrent des pollutions diffuses impactant l'état des masses d'eau : nitrates et les produits phytosanitaires notamment. L'atteinte des objectifs de bon état de la DCE constitue un volet complémentaire et stratégique du SAGE Boutonne.