Le classement en catégories piscicoles des cours d’eau du bassin distingue leur vocation piscicole : salmonicole (1ère catégorie) et cyprino-ésocicole (2è catégorie).
La Boutonne est une des rares rivières classées en première catégorie piscicole de l'ex Région Poitou-Charentes, ce qui lui confère une réelle attractivité, notamment au moment de l’ouverture de la pêche à la truite en mars et avril. De plus, des ententes ont été mises en place entre les sociétés locales de pêche pour permettre aux adhérents de pratiquer leur activité dans tout l’ouest de la France. Ainsi, des pêcheurs venant d’autres départements viennent régulièrement sur les berges de la Boutonne. On peut compter 3 catégories de pêcheurs : les pêcheurs locaux résidant sur place, les touristes pêcheurs venant en vacances dans la région et les pêcheurs « nouvelle génération » organisant des sorties entre pêcheurs.
Les fédérations de pêche rappellent néanmoins que des problèmes d’accessibilité physique aux berges restent un obstacle au développement de ce loisir pour les touristes ne connaissant pas bien le territoire. Les Fédérations de pêche travaillent à améliorer les conditions de pêche d'une part, mais aussi leur mission de sauvegarde des milieux aquatiques, par la sensibilisation de leur adhérents et des autres acteurs, des actions de connaissance, de préservation et de restauration des rivières, habitats, frayères, et développement des espèces piscicoles si possible naturelles.
La pêche doit cohabiter avec d'autres loisirs de plein air, notamment les sports nautiques, la randonnée... Néanmoins, ces différentes activités visent les mêmes objectifs : de l'eau en quantité et en qualité pour préserver les milieux aquatiques, la biodiversité, les paysages... supports de développement des activités touristiques et de l'attractivité du territoire de la Boutonne.